สถาบันอาหารให้บริการทดสอบผลิตภัณฑ์อาหารทางด้านเคมี จุลชีววิทยา กายภาพ รวมทั้ง GMO สารเร่งการเจริญเติบโตยาฆ่าแมลง และสารตกค้างต่างๆ ให้ความร่วมมือแก่ห้องปฏิบัติการทางวิทยาศาสตร์อื่นๆ ของรัฐและเอกชน ในการเพิ่มขีดความสามารถการทดสอบผลิตภัณฑ์อาหาร รวมถึงให้คำแนะนำและช่วยเหลือทางด้านเทคนิคเพื่อยืนยันผลกรณีเกิดปัญหาการกักกันสินค้าอาหารไทยจากต่างประเทศ